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1月9日，国务院召开第204次常务会议，研究确定南水北调东、中线一期工程可研阶段增加投资的筹资方案，并对南水北调工作提出要求。
2月13日，国家文物局、国务院南水北调办联合印发《南水北调工程建设文物保护资金管理办法》（文物保发〔2008〕8号）。
3月21—25日，国务院南水北调办组织力量对南水北调系统各单位落实内部审计整改意见进行复核。
4月24—27日，财政部农业司、国务院南水北调办经济与财务司赴山东、河南、河北等3省调研南水北调工程临时用地耕地占用税问题。
8月26日，国务院南水北调办主任张基尧主持召开主任专题办公会，审议并通过了《南水北调工程资金使用管理办法》。国务院南水北调办副主任李津成、宁远出席，机关各司和直属单位主要负责人参加。
10月24日，财政部综合司召开重大水利工程建设基金工作小组会议，研究制定重大水利工程建设基金征收管理事项。
11月4—7日，国务院南水北调办在南京召开南水北调工程投资管理工作座谈会。国务院南水北调办副主任宁远出席会议并讲话，南水北调系统各单位负责人参加。
12月1日，国务院南水北调办在北京召开南水北调工程资金管理会议。南水北调系统各单位负责人参加。
