印度联邦政府负责水利事务的部门主要有国家水资源理事会、国家水事务局、水利部。涉及水事务的其他机构还有农业部、电力部、环境和森林部、农村发展部、城市发展部等。印度的水资源开发利用以及防洪等水务主要由各邦管理，联邦政府只负责协调、技术咨询及邦际河流开发等。

国家水资源理事会1983年成立，总理任主席，水利部部长任副主席，有关部长为理事会成员，负责制定和监督国家水政策的实施、审查国家水资源开发机构递交的水开发计划、对邦间水事纠纷的解决方案提出建议等。

国家水事务局是国家水资源理事会的执行机构，局长由水利部部长担任，负责检查国家水政策执行情况并向国家水资源理事会报告、评价有关水利机构取得的成就等。

水利部的前身是灌溉部，1985年改为水利部，负责制定国家水资源开发与管理政策指南和总体计划。其主要职能包括：制定水利的总体规划和政策；各邦灌溉、防洪和多目标工程的技术指导、审批和监督；为其他部门发展提供水利基础设施；为联邦政府水资源开发工程安排资金和争取国外援助；制定小型灌溉工程和田间开发工程政策；中央资助工程的监督管理；地下水开发工程的总体规划和政策的制定及对国家级开发活动的监督和资助；调解邦间水事争端；邦际河流洪水预报中央网络的运行；与周边邻国就国际河流事务进行会谈等。水利部设17个下属机构，主要有：①中央水委员会，负责国家水资源开发工程技术咨询和技术审查的最高机构；②中央地下水管理局，1970年成立，负责全国地下水水资源的水文地质勘测、评估、开发及管理；③国家水开发署，1980年成立，负责促进国家水资源最佳利用的科研开发及编制跨流域调水的可行性研究报告；④水利水电咨询服务有限公司，负责水利部门的全面咨询服务业务；⑤国家水文协会，1979年由联邦政府成立，是一个完全由水利部资助的学会，主要负责水文领域的研究、协调工作以及与国内、国外和国际机构在水文领域的合作。